Najczęściej stosowanym podłożem jest piasek lub żwir krzemionkowy. Będzie on odpowiedni w przypadku mało wymagających roślin, ponieważ nie przyczynia się do odżywiania i wzrostu roślin. Jeśli chodzi o bardziej wymagające rośliny, lepszym wyborem będzie podłoże gliniane. W innym wypadku zachodzi potrzeba codziennego stosowania nawozu. Wadą drobnego piasku na dnie akwarium jest z pewnością gnicie umierających roślin na dnie. Natomiast niewygodą żwirku o grubości ziarna większej niż 4 mm jest to, że nie jesteśmy w stanie odkurzyć wszystkich zanieczyszczeń z dna.

W przypadku, gdy stosujemy piasek jako podłoże w zbiorniku, powinniśmy także zastosować substrat, który pomaga tworzyć system korzeniowy roślin oraz reguluje poziom składników odżywczych poprzez uwalnianie ich do wody przy niedoborze oraz wiązanie przy nadmiarze.

Podczas zakładania akwarium roślinnego należy dokonać wyboru pomiędzy substratem z suszonej a substratem z wypalanej gliny, które znacznie różnią się zawartością składników odżywczych.

Ten pierwszy jak sama nazwa wskazuje jest produkowany poprzez suszenie. W zasadzie jest to nawóz organiczny w formie kulek. Zawiera on wszystkie niezbędne pierwiastki, dzięki czemu dodatkowe nawożenie nie jest konieczne. Pochłania on także substancje odżywcze z wody i koncentruje je przy korzeniach roślin w akwarium. W rezultacie unikamy powstawania glonów w zbiorniku. Rośliny można sadzić w podłożu natychmiast po założeniu akwarium, jednak musimy odczekać co najmniej 3 tygodnie przed wprowadzeniem ryb, ponieważ ten typ podłoża wydziela w tym czasie substancje dla nich szkodliwe.

Drugi rodzaj substratu do akwarium nie zawiera niezbędnych substancji odżywczych. Jest produkowany poprzez wypalanie, przez co jest twardy i ma porowatą strukturę. Tak samo jak media filtracyjne wchłania bakterie czyszczące, dzięki czemu pomaga w filtracji biologicznej. Jest on zdecydowanie lżejszy niż żwirek, a jego dodatkową funkcją jest zdolność do pobierania składników roślinnych z wody.

W rezultacie możemy powiedzieć, że wysokiej jakości podłoże akwariowe ma kluczowe znaczenie dla wzrostu roślin akwariowych.